Die Geschäftsstelle des Verbandes befindet sich seit 2007 in Berlin am Kaiserdamm 31.
Sie hält den täglichen Kontakt zu den Mitgliedern, den Regionalgruppen, der Wirtschaft, anderen schwulen Gruppierungen, den Parteien und der interessierten Öffentlichkeit. Interessenten suchen Kontakt zum VK, Mitglieder klären Fragen zu ihrer Zuordnung, die Presse sucht einen Ansprechpartner, ein politischer Arbeitskreis sucht einen Teilnehmer für eine Podiumsdiskussion – vom Kaiserdamm aus werden die Anfragen koordiniert.
Meike Haida ist für die Organisation der Bundesgeschäftsstelle zuständig. Sie ist unter anderem die Ansprechpartnerin für die Mitgliederverwaltung, externe und interne Anfragen und die Organisation von Veranstaltungen. Sie pflegt die Mitgliederdaten und die VK-Homepage, verwaltet den VK-Materialpool und unterstützt die Regional- und Fachgruppen sowie den Vorstand bei ihrer Arbeit.